„Az, hogy ma hazánkban ennyire hangsúlyossá vált a kereszténység a politikában, az annak az Orbán Viktornak köszönhető, aki volt már KISZ-titkár, volt egy durván antiklerikális, egyházellenes időszaka is – gondoljunk csak a “cápalátogatás” kifejezésére. Most, hogy ez az ember a kereszténység védelmezőjeként adja el magát, ez felháborító nekünk, valóban keresztényeknek, akik már a szocializmus alatt is minden vasárnap ott voltunk a templomban.”- mondta Márki-Zay Péter a Szemléleknek adott interjújában.

„Az, hogy most egy tolvajkormány van hatalmon hazánkban, amelynek legfőbb ideológiája a korrupció, és ez a kormány kereszténynek nevezi magát, engem végtelenül felháborít. Ezzel nem vagyok egyedül. Sok keresztény embert nagyon elszomorít, amit ezek a politikusok a kereszténység nevében tesznek.”

- tette hozzá. Márki-Zay a rendszerváltás előtti állapotokhoz hasonlította azt, ahogy a kormány leuralja az egyházakat. Akkor az Állami Egyházügyi Hivatalon keresztül, most a sok milliárdos támogatásokkal érik el, hogy az egyház "rabja a rendszernek."

„Ezek az eseti támogatások a kormány támogatását viszik be az egyházakba. Végtelenül ellenzem ezt a rendszert. A személyes hitemtől függetlenül tény, hogy Magyarország egy szekuláris állam.”

- jelentette ki. Szerinte kiszámítható finanszírozásra van szükség. Rigó László megyéspüspökre utalva arról beszélt, hogy

"borzasztó szereptévesztés, ha egy vallási közösség azt gondolja, hogy neki futballakadémiát kell működtetnie. Egy egyháznak a lelkekkel van dolga, ahhoz minden támogatást meg kell kapnia, demokratikus keretek között, tisztességes szabályok mentén, a műemlékek fenntartását biztosítani kell, de ki kell szabadítani az egyházakat a politika fogságából."