Egy kambodzsai labor lehet a bizonyíték rá, hogy létezhetne járványelőrejelző rendszer

Kambodzsáról a maga harmadik világbeli egészségügyével aligha jutna eszünkbe, hogy a világjárványok elleni küzdelem egyik bástyája volna. Pedig a New York Times beszámolója szerint itt, a világ egyik legszegényebb országában bizonyították be, hogy akár ilyen körülmények között is működhetnek olyan laboratóriumok, amelyek akár addig ismeretlen kórokozókat is kimutathatnak - köztük olyanokat, amikről még csak azt se tudtuk, hogy nem tudunk róluk.

Kambodzsába tavaly január 23-án érkezett meg a világjárvány. Az ország szoros kapcsolatban van Kínával, Vuhanból, a pandémia eredeti gócpontjából naponta több járat is érkezik ide. Egy ilyenen érkezett az első koronavírusos beteg is, aki hamarosan be is lázasodott. A PCR tesztje pozitív lett. Ezen a ponton csatlakozott be a történetbe Jessica Manning, az amerikai NIAID, vagyis az Anthony Fauci vezette Nemzeti Allergia és Fertőző Betegségek Intézet közegészségügyi kutatója, aki a betegtől levett mintát lefuttatta DNS-szekvenálóján is.

Ennek több értelme is volt, például ellenőrizhette a PCR-teszt megbízhatóságát, amiről ekkor még kevés adatunk volt. A szekvenálás eredményeként be is bizonyosodott, hogy a PCR-teszt jól működött: a betegtől levett minta egyetlen betű eltéréssel azonos volt a Vuhanban korábban szekvenált SARS-CoV-2 vírussal.

De a kísérlet még egy dolgot bebizonyított: a metagenomikus szekvenálás értelmét.

Hogy miét??? A génszekvenáláskor hagyományosan egy konkrét, ismert kórokozó után szoktak kutatni. Így működik a PCR-teszt is, amelyet most éppen a SARS-CoV-2 azonosítására használunk, és mert csak azt keressük vele, csak azt is tudja kimutatni. A metagenomikus szekvenálás viszont nem egy konkrét kórokozó keresésére irányul, hanem egy embertől levett mintában megtalálható minden élő organizmus azonosítására.

Ez még annál is bonyolultabb, mint aminek hangzik. Már csak azért is, mert a génszekvenálásnál nem egy organizmus teljes génjét vizsgálják, hanem a szekvenálás során darabokra tördelik a DNS-t és az RNS-t. Ezek az egyenként már csak pár tucatnyi vagy pár száz bázispárból álló minták arról már nem sokat árulnak el, hogy hogyan álltak össze DNS-sé, vagy RNS-sé. Ehhez már egy speciális, rendkívül számításigényes szoftveralkalmazás, az IDseq kell, amely addig-addig rendezgeti a töredékeket, mígnem kiadja, hogy hogyan és hányféleképpen állhatnak össze. Az eredményeket pedig összeveti az elérhető genetikai adatbázisokkal, azonosítva a már ismert, és felismerve a még ismeretlen organizmusokat.

A folyamat, mint már írtuk, rendkívül számításigényes. De helyben nincs szükség nagy gépkapacitásra, mert az IDSeq a felhőben fut, így még olyan elmaradott egészségügyi ellátórendszerű országokban is, mint Kambodzsa, elég csak mintát venni és az eredeti szekvenálást lefuttatni - az ahhoz szükséges eszköz pedig, bár nem olcsó, de nem is megfizethetetlen.

Manning eredményei azt bizonyították, hogy elvben lehetőség volna egy korai járványelőrejelző rendszer kiépítésére. Laborjával most a kambodzsai fertőző betegségek központjával együttműködve a helyi hal- és húspiacok monitorozására készül, mert ezek ideális terepei annak, hogy egy eredendően állati vírus az emberre ugorva mutálódjon. Ha az ilyen új mutációkat időben felfedezik, azzal akár meg is előzhetnék a következő nagy világjárványt. (Címlapképünk illusztráció. Fotó: TEK IMAGE/SCIENCE PHOTO LIBRARY/Science Photo Library via AFP)