Fehérje-térszerkezeti illesztőmódszer gyorsítása FPGA technológiával

előadás

A februári Budapest Science Meetup-on Goretity Árpád (PPKE - Molekuláris Bionika) fehérje térszerkezetek bioinformatikai módszerekkel történő összehasonlításáról és ezek gyorsításának lehetőségeiről beszélt.

Forrás

Az előadó összefoglalója:

A modern evolúcióbiológiai és orvostudományi alapkutatás szerves része, nélkülözhetetlen támogatója a bioinformatika. A biológiai adatok számítógépes feldolgozásának gyorsasága lehetővé teszi olyan elemzések, összehasonlítások és szimulációk elvégzését, amelyeket kísérletesen egyáltalán nem, vagy csak nagyon hosszú idő alatt és rendkívül költségesen lehetne megvalósítani. Az egyik legnagyobb horderejű bioinformatikai módszer a fehérjék szerkezeti összehasonlítása. A fehérjék az élő szervezetek alapvető építőkövei, és szerkezetük gyakran összefügg az általuk ellátott feladatokkal, biológiai funkciókkal, így annak a megismerése közvetlenül hasznos, értékes tudáshoz juttatja a kutatókat.

Sajnos a jelenlegi szerkezeti illesztőalgoritmusok jellemzően igen lassúak. Nagyobb fehérjeadatbázisok feldolgozásához tehát új metódusokra van szükség. Egy lehetséges megközelítés a hagyományos számítógépek használata helyett specializált célhardver létrehozása, amelyet munkámban a méltán népszerű FPGA technológiával valósítottam meg. Az eredmények ígéretesek: a célhardvertől akár több nagyságrendbeli gyorsulást, hatékonyságnövekedést is várhatunk.

A címlapi kép forrása: Protein Data Bank/Wikipedia

Kapcsolódó cikkek
Legfrissebb videóink

Bekiabáltak Orbán beszéde alatt, rendőrök lepték el a lakást

Október 23-án a Kossuth térre néző lakásból kikiabálva fejezte ki ellenvéleményét néhány fiatal a miniszterelnök beszéde alatt. Rendőrök mentek fel hozzájuk, nyomozás indult, garázdasággal gyanúsítják őket.

Kiss Bence, Kovács Bendegúz, Czinkóczi Sándor
video

Irán a lefejező csapás után – az oroszok újabb szövetségese esik ki a láncolatból

Miért fényes nappal indult az Irán elleni támadás? Meddig tudnak támadni az amerikaiak? És meddig képesek védekezni? Miért jutalomjáték az oroszoknak a Barátság-kőolajvezeték miatti magyar-ukrán vita? Propaganda helyett már pszichológiai hadviselésbe kezdett a Fidesz a fejbe lövős AI-videóval? Takácsy Dorka Oroszország-szakértővel és Takács Márk katonai szakértővel beszélgettünk.

plankog, Takács Lili, Takács Márk, Botos Tamás, Takácsy Dorka
video

Megkérdeztük Tuzson Bencét, mit üzen a gödi gyár miatt aggódó választóknak

A miniszter a térség országgyűlési képviselője, hozzá tartozik Göd, így a Samsung gyár is. Eddig nem szólalt meg érdemben az ügyben, ezért Csömörön próbáltuk válaszra bírni.

Kovács Bendegúz, Windisch Judit
POLITIKA

Az egyikük kormányváltásra számít, a másik a rendszer erejére figyelmeztet

Szily László szerint Orbán elkövette a legnagyobb hibáját, amikor figyelmen kívül hagyta a magyar választókat világpolitikai ambíciói miatt. Uj Péter ezzel szemben azt gondolja, az Orbán-rendszer jellegéből adódik, hogy nem veszíthetnek választáson. Mindezt élőben vitatják meg.

Uj Péter, plankog, Kovács Bendegúz, Szily László, Botos Tamás
video

„Annyit féltünk már, hogy belefáradtunk”

Kisvárdán kérdeztük meg az embereket, mit szólnak ahhoz, hogy Orbán Viktor szerint ukrán akcióktól kell tartani, látták-e a Fidesz videóját és milyen hatással van rájuk a felfokozott kampány.

Bokros Dorka, plankog, Kristóf Balázs
video