Fehérje-térszerkezeti illesztőmódszer gyorsítása FPGA technológiával
A februári Budapest Science Meetup-on Goretity Árpád (PPKE - Molekuláris Bionika) fehérje térszerkezetek bioinformatikai módszerekkel történő összehasonlításáról és ezek gyorsításának lehetőségeiről beszélt.
Az előadó összefoglalója:
A modern evolúcióbiológiai és orvostudományi alapkutatás szerves része, nélkülözhetetlen támogatója a bioinformatika. A biológiai adatok számítógépes feldolgozásának gyorsasága lehetővé teszi olyan elemzések, összehasonlítások és szimulációk elvégzését, amelyeket kísérletesen egyáltalán nem, vagy csak nagyon hosszú idő alatt és rendkívül költségesen lehetne megvalósítani. Az egyik legnagyobb horderejű bioinformatikai módszer a fehérjék szerkezeti összehasonlítása. A fehérjék az élő szervezetek alapvető építőkövei, és szerkezetük gyakran összefügg az általuk ellátott feladatokkal, biológiai funkciókkal, így annak a megismerése közvetlenül hasznos, értékes tudáshoz juttatja a kutatókat.
Sajnos a jelenlegi szerkezeti illesztőalgoritmusok jellemzően igen lassúak. Nagyobb fehérjeadatbázisok feldolgozásához tehát új metódusokra van szükség. Egy lehetséges megközelítés a hagyományos számítógépek használata helyett specializált célhardver létrehozása, amelyet munkámban a méltán népszerű FPGA technológiával valósítottam meg. Az eredmények ígéretesek: a célhardvertől akár több nagyságrendbeli gyorsulást, hatékonyságnövekedést is várhatunk.
A címlapi kép forrása: Protein Data Bank/Wikipedia
Magyar Gulyásnak: Ennél még ambiciózusabbak voltunk fiatalkorunkban
A gyermekvédelmi vita legerősebb pillanatai a parlamentben.
„A Fidesz már nem fog megfiatalodni”
Sulyok Tamásért tüntettek vasárnap: Huth Gergely mérges kishörcsögnek nevezte Magyar Pétert, Pócs János elmondta, a Fidesz „az ördöggel is cimborálni fog, hogy megőrizze a demokráciát”, Havasi Bertalan pedig amiatt szomorkodott, hogy a hírhamisításról elhíresült Papp Dániel lemondott.
„Én nem bírtam volna ezt a sok megalázást” – Sulyok Tamás lemondásáról kérdeztünk
Le kell mondania a köztársasági elnöknek? Magyar Péter szerint egyértelműen igen, mi viszont kíváncsiak voltunk arra, mit gondolnak erről az emberek, és egyáltalán mostanra megjegyezték-e, hogy ki tölti be ezt a pozíciót.
Megtaláltuk Gönczi Gábort a pokolba vezető úton
Mi lesz Mészáros Lőrinc cégbirodalmával? Ki fogja etetni a zebrákat? Milyen jövő vár a TV2-re? És mivel tölti pihenőjét Gönczi Gábor? Ezekre a kérdésekre kerestük a választ Mészáros Lőrinc fesztiválján Alcsútdobozon.
A legerősebb pillanatok Magyar Péter és az ellenzék első parlamenti összecsapásából
Tehetségtelen bűnbandának nevezte a Fideszt a miniszterelnök, amikor először csaptak össze napirend előtt az ellenzéki pártokkal. Gulyás Gergely közbevetette, még ki kell találniuk, hogy magázódnak vagy tegezőnek-e.