"Az egész bűzlik. Ilyen az elnyomó rezsimekben van, ahol az, aki megszerzi a hatalmat, a békés hatalomátvétel helyett bünteti és bebörtönzi az ellenfeleit" - értékelte Matthew Dallek, a George Washington University politikatörténésze a New York Timesnak azt, hogy a Mueller-jelentés eldugott részeiből kiderült: Donald Trump hosszú hónapokon át próbálta rávenni igazságügyi miniszterét, hogy indítson büntetőeljárást legyőzött riválisa, Hillary Clinton ellen. A New York Times szerint arra, hogy egy elnök az igazságszolgáltatást próbálja bevetni egy politikai riválisa ellen, Richard Nixon elnöksége óta nem volt ismert példa. Márpedig Mueller különleges ügyész a csaknem két évig tartó nyomozását lezáró jelentésében több ilyen esetet is megemlít.

Az első ilyen nem sokkal Mueller 2017. május 17-i kinevezése után történt. Sessions ekkor már érintettsége miatt kivonta magát a nyomozás felügyelete alól, amivel annyira feldühítette Trumpot, hogy Sessions még a lemondását is benyújtotta, amit Trump akkor még elutasított. Sessions emlékei szerint Trump telefonon hívta, és lényegében arra kérte, hogy vegye vissza a nyomozás felügyeletét, és indítson büntetőeljárást Clinton ellen.

Pár hónappal később, 2017 októberében újra emlékeztette Sessionst, hogy szerinte az igazságügyi minisztérium "nem nyomoz azok ellen, akik igazán rászolgáltak erre", és újra megemlítette Clinton nevét. Sessions ezután megbízta a utahi szövetségi ügyészt, John W. Hubert, hogy vizsgálja ki a Clintonnal szemben Trump és szövetségesei által megfogalmazott vádakat. Ez a vizsgálat még folyamatban van, vádemelés nem történt.

Trumpot mindez nem elégítette ki, decemberben újra azt követelte Sessionstől, hogy vegye vissza a nyomozások - az oroszügyi vizsgálat mellett a Clinton-alapítvány ügyében akkor még folyamatban levő, azóta vádemelés nélkül lezárt vizsgálat - felügyeletét. Trump ez esetben legalább annyiban óvatos volt, hogy igyekezett utasítását nem utasításnak álcázni. "Nem akarok involválódni, nem is fogok. Nem csinálok semmit, és nem foglak semmire se utasítani. Csak azt szeretném, ha tisztességesen bánnának velem" - mondta Sessionsnek kabinettitkára, az azóta már távozott Rob Porter jegyzetei szerint.

A Times szerint ezeken a Mueller jelentésében is megemlített eseteken túl továbbiak is voltak. A lap értesülései szerint 2018 áprilisában a Fehér Ház időközben már távozott vezető jogtanácsosával, Donald McGahnnal közölte, hogy szeretné, ha az igazságügyi minisztérium eljárást indítana Clinton és az FBI volt igazgatója, James Comey ellen, akit Trump saját bevallása szerint is abban a reményben rúgott ki, hogy ezzel véget vethet az oroszügyi vizsgálatnak. McGahn, aki Mueller jelentése szerint több esetben parancsmegtagadással akadályozta meg Trumpot a törvénysértésben, ezt az utasítást se hajtotta végre, nem adta át Trump parancsát az igazságügyi minisztériumnak. Ehelyett egy belső feljegyzést írt Trumpnak arról, hogy egy ilyen eljárással csak az alkotmányos vádemelést, illetve a választási vereséget kockáztatja.

Samuel Buell, a Duke Egyetem jogászprofesszora szerint mindez arra utal, hogy Trump "azt hiszi, szabadon rendelkezhet az apparátus felett", az igazságügyi minisztérium és a nyomozóhatóságok pedig az ő személyes védelmét szolgálják.