Amikor a németek 1940-ben bevonultak Párizsba, az első dolguk volt a Louvre kifosztása. A műtárgyak elrablására szakosodott Einsatzstab Reichsleiter Rosenberg munkatársai pedig az alapos munkáról voltak híresek, ők lopkodták össze Európa minden részéből a világhírű műalkotásokat, például Michelangelo Burgesi madonnáját vagy Jan van Eyck képeit.

A Louvre - és a világ - leghíresebb műalkotásáról viszont keveset lehetett akkoriban tudni. A képet 1939 augusztus 27-én egy egy évvel korábban készült speciális tárolódobozba rakták és vidékre, a Loire-völgyébe szállították. 1940. június 5-én kipárnázott hordágyon, mentőautóban Chauvigny-be vitték, majd szeptemberbe a montaubani Ingres múzeumba. Végül 1942-ben Montail-ba.

A Louvre kincseinek nagy részét közben a Pireneusokba, Chateau de Pauba szállították, de a Mona Lisa nem volt köztük.

1942 után egyetlen feljegyzés sincs a képről a háború végéig. A Louvre a háború után azt írta, hogy a kép 1945. június 16-án tért vissza Párizsba Altausseeből, ahol a nácik a lopott kincseiket raktározták. De ez nem lehet igaz. Altausseeből június 16-án indították vissza az első szállítmány műkincset az Ausztriát megszálló szövetségesek, vagyis aznap aligha érkezhetett Párizsba a kép.

Hogy mi történt? A Louvre-ban az eredeti mellett több másolat is volt. Az egyik valamivel Leonardo halála után készült, és nagyon jó minőségű volt. Ez, az MNR 265 jelzetű másolat kerülhetett 1939-ben a spéci tárolódobozba, és a nácik ezt hurcolhatták magukkal Altausseeba. A másolat egyébként 1950-től napjainkig a Louvre igazgatójának szobájában volt kiakasztva. (Via The Guardian)